Bîrûnî’nin künyesi müellifler tarafından genelde, Ebû Reyhân el-Müneccim el-Bîrûnî, Muhammed b. Ahmed Ebû Reyhân el-Bîrûnî el-Harezmî, Ebû Reyhân Müneccim el-Bîrûnî, Üstâd Ebû Reyhân Muhammed b. Ahmed el-Bîrûnî şeklinde kaydedilmektedir. İsim ve künyesinde eski müellifler arasında belirgin bir ayrılık olmadığı gibi, son dönem araştırıcıları da yukarıdaki künyelerden birisini tercih etmektedir. Kendi eserlerinin üzerinde de künyesi, Ebî er-Reyhân Muhammed b. Ahmed el-Bîrûnî olarak yazılmasına rağmen, Tahdîd Nihâyâtü’l-Emâkin li Tashîh-i Mesâfâtü’l-Mesâkin adlı eserinde küçük bir farklılık dikkatimizi çekmektedir. Bu eserinin üzerinde nisbesi, Bîrûnî olarak değil Beyrûnî şeklinde kaydedilmiştir.
Bîrûnî’nin elimizde mevcut olan eserlerinde ve diğer kaynaklarda ailesi hakkında bilgi yok denecek kadar azdır. Bu sebeple anne-baba ve nesebini tespit etmek şu andaki bilgilere göre mümkün görünmemektedir. Bir şiirinde kendisi de bunu ifade etmiştir:
Zeki Velidi Togan, Bîrûnî’nin annesinin odun toplayan bir kadın olduğunu söyler ama bunu doğru kabul etmek mümkün değildir. Tavit Tancî onun ilme düşkünlüğü sebebiyle kendinden ve ailesinden bahsetmeye zaman bulamadığını belirtmektedir. Nitekim Bîrûnî’nin kendi ifadelerinden bilime çok erken yaşlarda başladığı, daha 18 yaşında enlem ve boylam ölçümleri yapabilecek seviyeye geldiği anlaşılmaktadır. Bu sözleriyle Bîrûnî’nin, anne ve babasının fakir olduklarını sonucu çıkarılabileceği gibi, Müslüman olmadıklarını söylemek istemiş olması da mümkündür.
Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi / Türkiye